Ayuda de GeneticsLab

Esta guia le mostrará como realizar las tareas más típicas del flujo de trabajo con GeneticsLab. Seleccione un tema de la lista para empezar. ¡Disfrute de GeneticsLab!


GeneticsLab le da la bienvenida

Esta página de documentación le ayudará a empezar con el flujo de trabajo típico de GeneticsLab para iOS. Seleccione uno de los temas de la lista para mostrar la documentación asociada.

Recursos de aprendizaje adicionales

Estoy trabajando para poder añadir documentación adicional en relación al código genético y a los procesos básicos en el ámbito de la biología molecular en el futuro. Por el momento, aquí tiene enlaces a diversos recursos en línea que le pueden resultar útiles en caso de duda:

Esta guía también está disponible en otros idiomas:

English Español Català

Volver arriba
The GeneticsLab workspace

El espacio de trabajo

El área de trabajo es lo primero que ha visto al iniciar la aplicación. Aquí puede trabajar con sus secuencias de ADN o ARN, que puede escribir o pegar en el campo de entrada. Cada vez que el contenido de este campo cambia, GeneticsLab lleva a cabo 4 acciones:

  • Da formato automáticamente a su secuencia para mostrarla agrupada en tripletes o siguiendo otro criterio de su elección. Consulte la sección 'Ajustes del editor' para más información sobre las opciones disponibles.
  • Resalta los caracteres inválidos de color rojo. Estos serán ignorados durante el procesado posterior. Adicionalmente, también podrá ver caracteres de color azul que se corresponden con caracteres compuestos del código genético. Consulte la sección 'Ajustes del editor' para más información sobre este tema.
  • Actualiza el contador de bases para reflejar el número total de símbolos que ha escrito.
  • Genera los productos de transcripción i traducción correspondientes a su secuencia.

Elementos de la interfaz

  1. Campo de entrada: Aquí es donde puede escribir o pegar su secuencia.
  2. Campo de transcripción: Aquí se mostrará el producto de la transcripción de su secuencia, de acuerdo con el tipo de entrada establecido.
  3. Campo de traducción: Aquí se mostrará la cadena de aminoácidos producto de la traducción del contenido del campo de transcripción, utilizando el código genético configurado.
  4. Indicador de tipo d'entrada: Indica que tipo de secuencia está utilizando como secuencia de entrada. Pulse sobre este botón para mostrar una lista con los tipos disponibles.
  5. Botón 'Preferencias': Utilice este botón para acceder a las preferencias de la aplicación y personalizar su experiencia.
  6. Botón 'Hélice 3D': Este botón le mostrará una representación 3D interactiva de su secuencia.
  7. Botón 'Referencia': Este botón le llevará a la pantalla del centro de referencia.
  8. Botón 'Borrar documento': Utilice este botón para eliminar lo que ha escrito hasta el momento.
  9. Contador de bases: Este indicador informa sobre cuántas bases hay en su secuencia.
  10. Botón 'Estadísticas': Este botón le llevará a la pantalla de estadísticas.
  11. Botón 'Errores': Este botón abre el inspector de errores.
  12. Botón de compartir: Puede utilizar este botón para imprimir o compartir su secuencia por correo electrónico, redes sociales u otras aplicaciones instaladas en su dispositivo iOS.

Tipos de entrada disponibles

  • ADN+: Este es el tipo por defecto. Asume que está introduciendo la cadena de ADN con significado y, por tanto, el ARN mensajero se generará directamente a partir de ella. En este modo, los uracilos (U) se interpretan como timinas (T).
  • ADN-: Este modo asume que su secuencia de entrada es complementaria a la cadena con significado y, por tanto, el ARN mensajero se sintetizará a partir de una complementaria a dicha secuencia. En este modo, los uracilos (U) se interpretan como timinas (T).
  • ARN+: Este modo asume que su secuencia ya es el ARN mensajero que quiere traducir y, por tanto, no tiene lugar procesamiento adicional. En este modo, las timinas (T) se interpretan como uracilos (U).
  • ARN-: Este modo asume que su secuencia es complementaria a la secuencia del ARN mensajero que se traducirá y, por tanto, se generará un ARNm complementario. En este modo, las timinas (T) se interpretan como uracilos (U).
  • cDNA: Este modo asume que su secuencia es una cadena de ADN complementaria al ADN mensajero que se va a traducir. Por tanto, se comporta igual que el modo ADN-.
Volver arriba
El espacio de trabajo


Elementos de la interfaz


Tipos de entrada

El inspector de errores

Detectar y corregir errores típicos en las secuencias de ADN, ARN o aminoácidos es una de las prestaciones más potentes de GeneticsLab. Puede acceder al inspector desde el editor pulsando el segundo botón empezando por la esquina inferior derecha. El analizador de errores puede detectar y corregir 3 tipos de problemas:

  • Caracteres inválidos. Se incluye cualquier base que no sea A, C, G, T, U o cualquiera de los caracteres adicionales del código genético si su uso está habilitado.
  • Traducción ambigua. Tiene lugar cuando se procesa un codón que no contiene la información suficiente para sintetizar un aminoácido concreto. Tenga en cuenta que algunos codones pueden ser viables aún sin tener especificada una A, C, G o T en la 3a base del triplete, dada la degeneración del código genético. Sin embargo, un exceso de inespecificidad puede dar lugar a una traducción ambigua cuando no puede determinarse el aminoácido que se va a codificar.

Corrección automática

Volver arriba
El inspector de errores

Estadísticas

La pantalla de estadísticas le permite obtener información sobre las proporciones de los diferentes símbolos en su secuencia de entrada. Puede llegar a esta pantalla pulsando el 3r botón desde la esquina inferior derecha en el editor.

Cada fila le mostrará la proporción correspondiente al nucleótido en cuestión, tanto en valor absoluto com en porcentaje.

Volver arriba
Estadísticas

Ajustes de procesamiento

La pantalla de ajustes le permite personalizar la forma en que sus secuencias de entrada son formateadas y procesadas. Puede acceder a ella pulsando el botón de la esquina superior derecha en el espacio de trabajo.

Estos son algunos de los aspectos que puede personalizar:

  1. Espaciado: Utilice este control para personalizar cómo se aplica formato a la secuencia de entrada. Aquí tiene la misma secuencia formateada utilizando los 3 sistemas:
    • No
      ATGATGATGATGATGATGATGATGATGGGTGATGCTGATCGATCGTAGGATACC
    • Tripletes (por defecto)
      ATG ATG ATG ATG ATG ATG ATG ATG ATG GGT GAT GCT GAT CGA TCG TAG GAT ACC
    • 10 b
      ATGATGATGA TGATGATGAT GATGATGGGT GATGCTGATC GATCGTAGGA TACC
  2. Nomenclatura de aminoácidos: Utilice este control para personalizar cómo se muestran los aminoácidos. Aquí puede leer la misma secuencia formateada según los 2 sistemas:
    • 1 letra
      MGLVALPQRVTTIYEVSHF|MHGFEGG|
    • 3 letras (por defecto)
      Met Gly Leu Val Ala Leu Pro Gln Arg Val Thr Thr Ile Tyr Glu Val Ser His Phe END Met His Gly Phe Glu Gly Gly END
  3. Caracteres avanzados: Puede utilizar este control para activar o desactivar el procesamiento de caracteres adicionales en el código genético. Puede encontrar más información sobre estos caracteres en la tabla adjunta. Por favor, tenga en cuenta que utilizar estos caracteres extra de forma incorrecta puede dar lugar a traducciones genéticas ambiguas.
  4. Código genético: El código genético universal suele ser suficiente para la mayoría de las actividades. Aun así, si necesita utilizar una variante del código genético como por ejemplo el código genético mitocondrial de los vertebrados, lo tiene disponible en este menú.
Volver arriba
Ajustes de procesamiento


Tabla de caracteres adicionales
BNo A
DNo C
HNo G
KCeto
MAmino
NCualquier base
RPurina
SFuerte
VNo T/U
WDébil
YPirimidina

El centro de referencia

Si está empezando en el mundo de la genética o la bioinformática, ¡felicidades! Acaba de descubrir un mundo increíble, aunque tal vez al principio no recuerde algún aspecto sobre un aminoácido o un nucleótido. El centro de referencia le ayudará como herramienta de consulta rápida en este caso. Puede acceder a ella desde el área de trabajo pulsando el botón "Referencia" (el 2º empezando por la esquina inferior izquierda).

Accederá a una lista con los 20 aminoácidos que conforman el código genético universal. También podrá acceder a la lista de nucleótidos pulsando la sección correspondiente del control que encontrará en la parte superior. Desde aquí, si selecciona cualquier molécula, accederá a una página de detalles donde podrá encontrar:

  • Una imagen de la molécula en cuestión.
  • El nombre completo de la molécula, así como las abreviaciones estandarizadas que se utilizan para referirse a ella.
  • El botón 'Más…'. Púlselo para acceder al artículo correspondiente a la molécula que ha seleccionado en la Wikipedia.
Volver arriba
El centro de referencia

Generando modelos 3D

Aprender visualmente es aún mejor y ahora puedes experimentar con magníficos modelos 3D de tus secuencias. Haz tap en el botón de la molécula en la esquina inferior derecha y GeneticsLab construirá un modelo 3D de la estructura helicoidal de tu secuencia, sea de ADN o de ARN.

Una vez generada la estructura de hélice verá como empieza a girar automáticamente. Para detener la animación, toque cualquier punto de la pantalla.

Experimente

No se trata solamente de generar una hélice 3D de su secuencia. Puede moverla, rotarla y ampliarla para descubrir cada detalle. Estos son los gestos disponibles:

  • Pellizque para ampliar o alejar la molécula.
  • Haga un giro con dos dedos para rotar la molécula.
  • Deslice con un dedo para mover la cámara alrededor de la molécula.
  • Deslice con dos dedos para mover la molécula a lo largo de la pantalla.

También tiene disponibles diferentes esquemas de coloreado:

  • Por átomo: colorea cada átomo de acuerdo con su elemento en la tabla periódica.
  • Por base: colorea cada átomo de acuerdo con la base nitrogenada a la que corresponde.

Personalice

Puede escoger el sistema de coloreado por defecto o incluso los colores individuales en la pantalla de ajustes. Vea 'Ajustes 3D' para más detalles.

Volver arriba
Modelos 3D


Esquemas de color

Ajustes de color en modelos 3D

La pantalla de ajustes le permite personalizar la forma en que se generan los modelos 3D. Puede acceder a ella desde el editor haciendo tap en el botón de la esquina superior derecha. Luego acceda a la sección correspondiente utilizando el botón 'Colores'.

Colores por defecto

Estos son los valores por defecto para el sistema de coloreado `Por átomo'. Actualmente no pueden modificarse en la pantalla de ajustes.

 C
 H
 O
 N
 P

Para el sistema 'Por base' puede modificar el color de cada base nitrogenada utilizando el selector de color. Seleccione los colores que desee y pruébelos en el visor 3D.

Utilice el botón 'Restablecer' para restaurar todos los colores a sus valores por defecto, a saber:

 A
 C
 G
 T
 U

Coloreado por defecto

Puede escoger el sistema de coloreado inicial para la generación de modelos 3D en esta sección. Este ajuste sólo afecta al coloreado inicial que se aplica al abrir el visor 3D, por lo que puede cambiar entre ambos en cualquier momento.

Volver arriba
Ajustes de colores


Selector de colores

¿Desea hacer un comentario?

Si tiene alguna pregunta, queja o sugerencia, por favor no dude en ponerse en contacto conmigo.